Zanim powstała wspólnota „Wieczernik” kilka osób, zaangażowanych w ruchu charyzmatycznym Odnowa w Duchu Świętym w Kościele Katolickim, organizowało w Kielcach spotkania, na których nauczano podstawowych prawd biblijnych. W spotkaniach uczestniczyli głównie młodzi ludzie, którzy bardzo radykalnie podejmowali decyzję nawiązania osobistej relacji z Jezusem i swoim świadectwem mocno oddziaływały na rówieśników w szkołach. Odpowiadając na wezwanie Boga i potrzeby tych młodych ludzi powstała nowa wspólnota, niezależna od istniejącej już w Kielcach wspólnoty Odnowy w Duchu Świętym.
Pierwsze spotkanie wspólnoty „Wieczernik” odbyło się 4 września 1992 roku. Przyszło na nie około 30 młodych ludzi. Co tydzień spotykaliśmy się, aby modlić się oraz uwielbiać Boga pieśnią i modlitwą. Prowadziliśmy nauczanie o tematyce biblijnej, głównie w odniesieniu do codziennego życia chrześcijanina. Ilość osób przychodzących na spotkania bardzo szybko wzrastała.
W listopadzie 1992 roku doświadczyliśmy gwałtownego wzrostu ilości nawracających w radykalny sposób młodych ludzi, przychodzących do nas często „z ulicy”. To sprawiło, że przenieśliśmy się do nowej większej sali.
Na początku 1993 roku na spotkania modlitewne przychodziło już co niedzielę 400 – 500 osób. W tym czasie doświadczaliśmy również sprzeciwu, głównie ze strony części hierarchii Kościoła Katolickiego i niektórych rodziców młodzieży, która uczęszczała na nasze spotkania. Trudne okoliczności oraz zakazy rodziców wobec swoich dzieci spowodowały zmniejszenie się ilości osób uczestniczących w życiu wspólnoty.
Pod koniec czerwca 1994 r. ówczesny biskup kielecki wykluczył Wspólnotę „Wieczernik” z Kościoła Katolickiego. Po tych wydarzeniach wspólnota, która z czasem zyskała statut kościoła, spotykała się regularnie w niedziele na wspólne uwielbienie i modlitwę.
W marcu 2021 roku nastąpiła zmiana przywództwa.
Po 28 latach prowadzenia kościoła zespół liderów składający się z Ireny Stankiewicz, Edwarda Ćwierza, Jacka Sierki i Mirosława Wielchorskiego przekazał przywództwo kolejnemu pokoleniu, w skład którego wchodzą Anna Gulba, Dawid Kościuk i Agnieszka Kościuk.